Bonatti, Francesco
Identificazione di marcatori genetici di suscettibilità nella fibrosi retroperitoneale mediante immunochip [Tesi di dottorato]
Università degli Studi di Parma. Dipartimento di Medicina e Chirurgia, 2018-03-08
Background ed obiettivi dello studio. La fibrosi retroperitoneale (FR) è una patologia rara, con una prevalenza di 1.4 casi/100,000 abitanti, caratterizzata dalla presenza di un tessuto fibro-infiammatorio che circonda l’aorta e si estende nello spazio retroperitoneale, coinvolgendo le strutture adiacenti. Diversi elementi clinici, laboratoristici (presenza di positività per diversi auto-anticorpi) ed immunogenetici (associazione con HLA-DRB1*03) suggeriscono un’eziologia autoimmune. Inoltre, spesso la FR si associa ad altre patologie autoimmuni, tra cui le vasculiti e l’artrite reumatoide. Scopo del presente studio è investigare il background genetico in soggetti affetti da FR ed identificare la presenza di fattori genetici di suscettibilità a questa malattia mediante studio caso-controllo. Pazienti e Metodi. Nello studio sono stati tipizzati 302 pazienti affetti da FR (241 con forma idiopatica (FRI) e 61 con forma perianeurismatica (FRP)) e 2,443 controlli. La coorte più ampia (discovery cohort) è stata reclutata presso l’Azienda Ospedaliero-Universitaria di Parma ed è costituita da 251 casi e 1,270 controlli; i restanti 51 pazienti e 1,173 controlli sono di origine olandese e costituiscono la coorte di replicazione dello studio. La metodica utilizzata per l'analisi genetica è stata Immunochip (Illumina) che consente di tipizzare simultaneamente circa 200,000 varianti genetiche che mappano, per la maggior parte, sul locus HLA e su altri geni implicati nei meccanismi immunitari. Le frequenze alleliche in pazienti e controlli sono state confrontate per individuare le varianti genetiche associate alla FR. Successivamente sono stati valutati i residui amminoacidici relativi alle varianti identificate per evidenziare eventuali implicazioni a livello della sequenza della proteina. Infine, sono stati confrontati i dati genetici dei pazienti con FRP e FRI per valutare differenze nei background genetici tra queste due forme di FR. Risultati. Varianti genetiche con livello di associazione genome-wide con la FR sono state riscontrate esclusivamente nel locus HLA (cromosoma 6). I segnali più significativi sono stati riscontrati negli alleli HLA-DRB1*0301 (p=8.25E-14, OR [95% CI]=2.45 [1.93-3.09]) e HLA-DQB1*0201 (p=2.62E-14, OR [95% CI]=2.44 [1.94-3.07]), caratterizzati da un Linkage Disequilibrium (LD) quasi completo (r2=0.96). In aggiunta, sono stati individuati ulteriori dieci polimorfismi singolo nucleotide (SNPs) in LD con HLA-DRB1*0301 a livello dei geni HLA-DQA1, HLA-DQB1 ed HLA-DRB1 con livelli di significatività simili a quelli dell'allele classico HLA-DRB1*0301. Il gene HLA-DRB1 codifica per la proteina HLA-DR? che lega peptidi antigenici derivanti dalle cellule che presentano l'antigene (APC) e li presenta sulla superficie cellulare per il riconoscimento da parte dei linfociti CD4+. Considerando la sequenza della proteina HLA-DR?, gli amminoacidi in posizione 77 (Asn77) e 74 (Arg74) risultano essere associati alla FR (p=5.02E-14, OR [95% CI]=2.46 [1.95-3.11]). Conclusioni. Questo studio ha permesso di identificare molteplici varianti genetiche del locus HLA associate con la FR, dimostrando che questo sistema genico potrebbe ricoprire un ruolo importante nella suscettibilità alla FR e che le diverse forme alleliche del gene potrebbero avere un ruolo nei processi patogenetici alla base di questa malattia. Inoltre il forte legame tra la FR e la presenza dell’allele HLA–DRB1*03, strettamente associato a numerose condizioni autoimmuni, è a supporto dell’ipotesi che la FR potrebbe appartenere a questa classe di patologie..
In relazione con Dottorato di ricerca in Scienze mediche
MED/03


Tesi di dottorato. | Lingua: Italiano. | Paese: | BID: TD18020054